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El valor biológico de la roca viva proviene de su estructura altamente porosa: cada kilogramo puede tener más de 1 metro cuadrado de superficie interna, que alberga bacterias nitrificantes aerobias en las capas exteriores y bacterias desnitrificantes anaerobias en las zonas interiores profundas, con poco oxígeno. La desnitrificación convierte el nitrato en nitrógeno gaseoso, lo que completa el ciclo del nitrógeno y mantiene bajo el nivel de nitrato, algo crítico en acuarios de arrecife que albergan corales sensibles a los niveles de nutrientes. La roca viva recolectada en estado silvestre está cada vez más regulada por su impacto en los ecosistemas de arrecife; la roca viva de acuicultura (roca sembrada con algas coralinas y curada en acuarios marinos) ofrece una función biológica equivalente sin necesidad de extraerla del arrecife. La diversidad de organismos autoestopistas (gusanos, esponjas, crustáceos) presentes en una buena roca viva contribuye de forma significativa a la biodiversidad del acuario.